Los datos ahora conocidos acerca de Juan Fernández de Bustamante nos permiten reconsiderar su trayectoria profesional, como tracista de obras. Se ha documentado su intervención en Villagarcía de Campos, Salamanca (primitivo Colegio), Oviedo, Palencia, Segovia, Colegio de Nª Sª de la Antigua en Monforte de Lemos, Medina del Campo (Colegio de San Pedro y San Pablo) y Autillo de Campos, pero en ninguna se le ha considerado como su tracista, sino tan solo como sobrestante, veedor, tasador, perito o administrador.
Juan Fernández de Bustamante nace hacia 1560 en Villamayor de Treviño (Burgos) e ingresa en 1577 en el Colegio jesuita de Burgos, en el que permanece hasta su marcha al Colegio salmantino, en el que presumiblemente conocerá al padre Andrés Ruiz. Parece que la formación del jesuita burgalés a la sombra de Andrés Ruiz es más que probable. La mayor parte de las obras en las que Juan Fernández de Bustamante aparece documentado están a cargo de Andrés Ruiz de quien doña Catalina de Zúñiga, sobrina del fundador del Colegio de Monforte de Lemos, dijo: “maestro zorro y sabe más de arquitectura de cuantos hay en la Compañía”. Se le describe en 1584 como hombre “de buen ingenio, juicio, prudencia, bastante experiencia, flemático, melancólico. Tiene talento para architecto”.
A Juan Fernández de Bustamante se le documenta participando entre 1584 y 1590 en las obras de las Casas de la Compañía de Salamanca, Segovia, Palencia y, tras fallecer Andrés Ruiz (1596), dirigiendo la obra de Monforte de Lemos junto a Juan de Tolosa, quedando él solo al frente de la misma a la muerte de este (1600).
En Monforte, Fernández de Bustamante realiza la tasación de todo lo construido en el Colegio en el año 1600, figurando entonces como Maestro Mayor tras el fallecimiento de Juan de Tolosa y con acuerdo a las trazas y condiciones que habían sido dadas por Andrés Ruiz y Veremondo Resta en 1594 al Cardenal Rodrigo de Castro.
Parece que es a iniciativa de Fernández de Bustamante el uso del capitel corintio que es el utilizado en el interior de la Iglesia del Colegio de Nª Sª de la Antigua de Monforte de Lemos (Lugo) que atribuimos a la mano del cantero Rozadilla. El mismo estilo de capiteles puede verse en la iglesia de Santa Cruz de Medina de Rioseco, de Lantadilla, en Nuestra Señora de la Calle (Palencia), en el interior de la iglesia colegial de Segovia, y en la Catedral de Valladolid bajo la dirección de Fernández de Bustamante.